Прошло два года с тех пор, как юный Сэм Уитвикки спас Вселенную, предотвратив глобальную битву между враждующими воинственными расами инопланетных роботов. Несмотря на свои героические подвиги, Сэм остается обычным подростком с обычными проблемами — поступление в колледж и родителями. Разумеется, отъезд будет тяжело воспринят лучшим другом, роботом — телохранителем Бамблби.

Однажды принцесса Елена приехала в гости к своему дяде, королю Сигизмунду. Король был задорным лысым стариком и много шутил о том, как он шлепал принцессу по попке, когда она была маленькая, а теперь она такая большая, что сама кого хочешь, отшлепает. "Замуж! Замуж тебе пора!" делал вывод Сигизмунд, запивая севрюгу компотом. Как вдруг…

События происходят через много лет после событий, описанных в первом фильме. Журналист Стенли Маус хочет найти известное по легендам древнее племя котов, затерянное в Африке. Он находит их, и мышиная цивилизация оказывается под угрозой. Специальный агент Ник Грабовский снова должен будет спасти мир…